Thanks for the help.<br><br>1. I tried to figure out but it seems to be a little bit beyond me.<br>Given the directions I will try to fix the problem myself and maybe then I will submit my first patch to vtk!<br><br>2. I can confirm that the node orders for quad9/bi-quadratic-quad are identical. <br>
So when quadratic quad is used instead of bi-quadratic quad, the missing node is the last one (8).<br><br>3 -- 6 -- 2<br>|       |      |<br>7 -- 8 -- 5<br>|       |      |<br>0 -- 4 -- 1<br><br>However, one question is how does  vtkExodusIIReader<br>
differe from vtkExodusReader.<br>If I open the file and use PrintSelf methods They produce slightly different information:<br><br>vtkExodusIIReader:<br><b><br>Debug: Off<br>Modified Time: 34<br>Reference Count: 2<br>Registered Events: (none)<br>
Executive: 0x1536d60<br>ErrorCode: Success<br>Information: 0x1533ed0<br>AbortExecute: Off<br>Progress: 1<br>Progress Text: (None)<br>FileName: sphere-6.exo<br>XMLFileName: (null)<br>DisplayType: 0<br>TimeStep: 0<br>TimeStepRange: [0, 0]<br>
ExodusModelMetadata: OFF<br>PackExodusModelOntoOutput: ON<br>ExodusModel: 0<br>Metadata:<br>  Exoid: -1<br>  AppWordSize: 8<br>  DiskWordSize: 8<br>  ExodusVersion: 4.57<br>  ModelParameters:<br>    Title: cubit(/home/dansari/Desktop/sphere-6.exo): 05/13/2011: 16:08:57<br>
    Dimension: 3<br>    Nodes: 26<br>    Edges: 0<br>    Faces: 0<br>    Elements: 6<br>    Edge Blocks: 0<br>    Face Blocks: 0<br>    Element Blocks: 1<br>    Node Sets: 0<br>    Edge Sets: 0<br>    Face Sets: 0<br>    Side Sets: 0<br>
    Element Sets: 0<br>    Node Maps: 0<br>    Edge Maps: 0<br>    Face Maps: 0<br>    Element Maps: 0<br>  Time steps (0):<br>  TimeStep: 0<br>  HasModeShapes: 0<br>  ModeShapeTime: -1<br>  Blocks:<br>    Element block 1 &quot;Unnamed block ID: 1 Type: QUAD9 Size: 6&quot; (6)<br>
        FileOffset: 1<br>        CachedConn: 0x153b380 (1)<br>        PointMap: 26 entries, ReversePointMap: 26 entries<br>        Type: QUAD9<br>        Bounds per entry, Node: 9 Edge: 0 Face: 0<br>        Attributes (0):<br>
  Sets:<br>  Maps:<br>  Array Cache:<br>    Debug: Off<br>    Modified Time: 10<br>    Reference Count: 1<br>    Registered Events: (none)<br>    Capacity: 128 MiB<br>    Size: 0.00390625 MiB<br>    Cache: 0x1536d10 (4)<br>
    LRU: 0x1536d40<br>  SqueezePoints: 1<br>  ApplyDisplacements: 1<br>  DisplacementMagnitude: 1<br>  GenerateObjectIdArray: 1<br>  GenerateFileIdArray: 0<br>  FileId: 0</b><br><br><br>ExdosuReader:<br><br><b><br>Modified Time: 85<br>
Reference Count: 2<br>Registered Events: (none)<br>Executive: 0x2310390<br>ErrorCode: Success<br>Information: 0x2307ed0<br>AbortExecute: Off<br>Progress: 1<br>Progress Text: (None)<br>GenerateBlockIdCellArray: On<br>GenerateGlobalElementIdArray: On<br>
GenerateGlobalNodeIdArray: On<br>PackExodusModelOntoOutput: On<br>ApplyDisplacements: On<br>ExodusModelMetadata: Off<br>File Name: sphere-6.exo<br>XML File Name: (none)<br>Title: cubit(/home/dansari/Desktop/sphere-6.exo): 05/13/2011: 16:08:57<br>
Dimensionality: 3<br>NumberOfUsedNodes: 20<br>NumberOfNodesInFile: 26<br>NumberOfUsedElements: 6<br>NumberOfElementsInFile: 6<br>NumberOfBlocks: 1<br>  6 elements in block 1<br>NumberOfTimeSteps: 0<br>NumberOfPointArrays: 0<br>
NumberOfCellArrays: 0<br>NumberOfSideSets: 0<br>NumberOfNodeSets: 0<br>TimeStep: 0<br>TimeStepRange: 0 -1<br>DisplacementMagnitude: 1<br>DisplayType: 1<br>HasModeShapes: 0<br></b><br>The output from ExodusIIReader clearly suggests that my elements are 9 node quads!<br>
<br>Please advise<br><br>Davood<br><br><br><div class="gmail_quote">On Fri, May 13, 2011 at 12:02 PM, David Thompson <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:dcthomp@sandia.gov">dcthomp@sandia.gov</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Hi Davood,<br>
<br>
The ExodusII reader was created before VTK had Soeren Gebbert&#39;s 9-node quadratic elements, so the 8-node quad was used as an approximation. It appears that vtkExodusIIReaderPrivate::DetermineVtkCellType needs to be changed to use the bi-quadratic quad, but there may be more depending on the order nodes are specified in by Exodus vs. VTK (see vtkExodusIIReader::GetCacheOrRead around line 2225 for what&#39;s done with hexahedra).<br>

<br>
If someone wants to create a patch, I&#39;ll be happy to review it in Gerrit.<br>
<br>
        David<div><div></div><div class="h5"><br>
<br>
On May 12, 2011, at 9:17 , Davood Ansari wrote:<br>
<br>
</div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><div><div></div><div class="h5">
Hi all<br>
<br>
I am having some trouble with reading ExodusII files generated from Cubit 12.<br>
The elements are supposed to be (and based from what I see in the .exo file are)<br>
biqudratic quads that have 9 points. When I read the file using vtkExodusIIReader,<br>
however, I get quadratic quads with 8 sampling points.<br>
<br>
Any idea what is going one?<br>
<br>
Attached is the header for my .exo mesh file, as you see num_nod_per_el1 = 9 ; but I still get 8 point quadratic quad in VTK??<br>
<br>
<br>
netcdf sphere {<br>
dimensions:<br>
    len_string = 33 ;<br>
    len_line = 81 ;<br>
    four = 4 ;<br>
    time_step = UNLIMITED ; // (0 currently)<br>
    num_dim = 3 ;<br>
    num_nodes = 386 ;<br>
    num_elem = 96 ;<br>
    num_el_blk = 1 ;<br>
    num_qa_rec = 1 ;<br>
    num_el_in_blk1 = 96 ;<br>
    num_nod_per_el1 = 9 ;<br>
variables:<br>
    double time_whole(time_step) ;<br>
    char qa_records(num_qa_rec, four, len_string) ;<br>
    char coor_names(num_dim, len_string) ;<br>
    char eb_names(num_el_blk, len_string) ;<br>
    int elem_map(num_elem) ;<br>
    int eb_status(num_el_blk) ;<br>
    int eb_prop1(num_el_blk) ;<br>
        eb_prop1:name = &quot;ID&quot; ;<br>
    int connect1(num_el_in_blk1, num_nod_per_el1) ;<br>
        connect1:elem_type = &quot;QUAD9&quot; ;<br>
    double coord(num_dim, num_nodes) ;<br>
<br>
// global attributes:<br>
        :api_version = 4.57f ;<br>
        :version = 4.57f ;<br>
        :floating_point_word_size = 8 ;<br>
        :file_size = 0 ;<br>
        :title = &quot;cubit(/home/dansari/Desktop/sphere/sphere.exo): 03/22/2011: 19:24:22&quot; ;<br>
<br></div></div>
_______________________________________________<br>
Powered by <a href="http://www.kitware.com" target="_blank">www.kitware.com</a><br>
<br>
Visit other Kitware open-source projects at <a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" target="_blank">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a><br>
<br>
Please keep messages on-topic and check the VTK FAQ at: <a href="http://www.vtk.org/Wiki/VTK_FAQ" target="_blank">http://www.vtk.org/Wiki/VTK_FAQ</a><br>
<br>
Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
<a href="http://www.vtk.org/mailman/listinfo/vtkusers" target="_blank">http://www.vtk.org/mailman/listinfo/vtkusers</a><br>
</blockquote>
<br>
<br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><br><div style="text-align: left;">    work as if you&#39;d stay forever, <br>prepare as if you&#39;d leave tomorrow<br></div><br>