<div dir="ltr">You need a vtkPlane, not a vtkPlaneSource to do the cutting. The vtkPlaceSource produces polydata. The vtkPlane is an implicit function. vtkCutter uses implicit functions to cut the data.<div><br></div><div>
<br></div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Aug 1, 2013 at 11:46 AM, Daniël Lacko <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:lacko.daniel@outlook.com" target="_blank">lacko.daniel@outlook.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">


<div><div dir="ltr">Hi all,<br><br>I&#39;m trying to calculate the circumference of the human head in 3D. I&#39;m using VTK 5.10.1 and Python 2.7 64-bit. I want to calculate the intersection of a plane passing through certain point on the head. I then want to extract the boundary and calculate the length of this polyline. First, I want to visualize the boundary to make sure the extraction is working as expected.<br>
<br>As far as I understand, I can use vtkCutter to cut a slice from the original image. When I modify the vtkCutter ClipCow.py example, I can use vtkFeatureExtract to extract the boundary and write it to a .vtk file for visualization:<br>
<br>    # Here we are cutting the cow. Cutting creates lines where the cut<br>    # function intersects the model. (Clipping removes a portion of the<br>    # model but the dimension of the data does not change.)<br>    #<br>
    # The reason we are cutting is to generate a closed polygon at the<br>    # boundary of the clipping process. The cutter generates line<br>    # segments, the stripper then puts them together into polylines. We<br>    # then pull a trick and define polygons using the closed line<br>
    # segments that the stripper created.<br>    cutEdges = vtk.vtkCutter()<br>    cutEdges.SetInputConnection(cow.GetOutputPort())<br>    cutEdges.SetCutFunction(plane)<br>    cutEdges.GenerateCutScalarsOn()<br>    cutEdges.SetValue(0, 0.5)<br>
    cutStrips = vtk.vtkStripper()<br>    cutStrips.SetInputConnection(cutEdges.GetOutputPort())<br>    cutStrips.Update()<br>    cutPoly = vtk.vtkPolyData()<br>    cutPoly.SetPoints(cutStrips.GetOutput().GetPoints())<br>    cutPoly.SetPolys(cutStrips.GetOutput().GetLines())<br>
<br>    # Extract boundary from cutPoly<br>    cutBoundary = vtk.vtkFeatureEdges()<br>    cutBoundary.SetInput(cutPoly)<br>    cutBoundary.Update()<br>    # Write cut line to .vtk file<br>    polyWriter = vtk.vtkPolyDataWriter()<br>
    polyWriter.SetInput(cutBoundary.GetOutput())<br>    polyWriter.SetFileName(&quot;cutPoly.vtk&quot;)<br>    polyWriter.Write()<br><br>The code works as intended. However, if I try using it with my own code, it won&#39;t read the surface data correctly:<br>
<br>    # Circumference plane (used to cut)<br>    circPlaneSource = vtk.vtkPlaneSource()<br>    circPlaneSource.SetOrigin(G - <br>            150*self.midSagittalPlaneNormal)<br>    circPlaneSource.SetPoint1(Op -<br>            150*self.midSagittalPlaneNormal)<br>
    circPlaneSource.SetPoint2(G +<br>            150*self.midSagittalPlaneNormal)<br>    circPlaneSource.SetResolution(15, 15)<br>    circPlaneSource.Update()<br><br>    surface = vtk.vtkSTLReader()<br>    surface.SetFileName(fileName)<br>
<br>    # Cut a slice out of the surface and convert it to a PolyData object<br>    cutEdges = vtk.vtkCutter()<br>    cutEdges.SetInputConnection(surface.GetOutputPort())<br>    cutEdges.SetCutFunction(circPlaneSource.GetOutput())<br>
    cutEdges.GenerateCutScalarsOn()<br>    cutEdges.SetValue(0, 0.5)<br>    cutStrips = vtk.vtkStripper()<br>    cutStrips.SetInputConnection(cutEdges.GetOutputPort())<br>    cutStrips.Update()<br>    cutPoly = vtk.vtkPolyData()<br>
    cutPoly.SetPoints(cutStrips.GetOutput().GetPoints())<br>    cutPoly.SetPolys(cutStrips.GetOutput().GetLines())<br>    <br>    # Extract boundary from cutPoly<br>    cutBoundary = vtk.vtkFeatureEdges()<br>    cutBoundary.SetInput(cutPoly)<br>
    cutBoundary.Update()<br><br>    # Write cut line to .vtk file<br>    polyWriter = vtk.vtkPolyDataWriter()<br>    polyWriter.SetInput(cutBoundary.GetOutput())<br>    polyWriter.SetFileName(&quot;test.vtk&quot;)<br>    polyWriter.Write()<br>
<br>I don&#39;t get an error message, the code just hangs at the cutEdges.SetInputConnection(...). The only significant difference as far as I can tell is that I&#39;m using an .stl file instead of a .g file. Shouldn&#39;t the outputport data from vtkSTLReader and vtkBYUReader be the same (a vtkAlgorithm object in this case)? <br>
<br>Though I&#39;ve been using bits and pieces of vtk code over the past year, I&#39;m still very unexperienced in VTK (and image processing in general). Am I supposed to extract the data from vtkSTLReader in a different way? Any help would be greatly appreciated.<br>
<br>Kind regards,<br><br>Daniel<br>                                               </div></div>
<br>_______________________________________________<br>
Powered by <a href="http://www.kitware.com" target="_blank">www.kitware.com</a><br>
<br>
Visit other Kitware open-source projects at <a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" target="_blank">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a><br>
<br>
Please keep messages on-topic and check the VTK FAQ at: <a href="http://www.vtk.org/Wiki/VTK_FAQ" target="_blank">http://www.vtk.org/Wiki/VTK_FAQ</a><br>
<br>
Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
<a href="http://www.vtk.org/mailman/listinfo/vtkusers" target="_blank">http://www.vtk.org/mailman/listinfo/vtkusers</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>Unpaid intern in BillsBasement at noware dot com<br>
</div>