<div dir="ltr">Dear Majid,<div>if you are processing a 2D/3D (medical image) volumetric dataset, I'd say that it'd be easier to just use ITK as a starting point. If you then need visualization capabilities, then you'd need to use VTK as well.</div><div><br></div><div>For resampling, and reslicing purposes, you may want to have a look at</div><div><a href="https://itk.org/Doxygen/html/classitk_1_1ResampleImageFilter.html">https://itk.org/Doxygen/html/classitk_1_1ResampleImageFilter.html</a><br></div><div><br></div><div>and the examples</div><div><a href="https://itk.org/ITKExamples/src/Filtering/ImageGrid/ResampleAnImage/Documentation.html">https://itk.org/ITKExamples/src/Filtering/ImageGrid/ResampleAnImage/Documentation.html</a><br></div><div><br></div><div>For using VTK with medical datasets:</div><div><a href="https://lorensen.github.io/VTKExamples/site/Cxx/#medical">https://lorensen.github.io/VTKExamples/site/Cxx/#medical</a><br></div><div><br></div><div>For edge preserving noise removal, you can have a look at</div><div><a href="https://itk.org/Doxygen/html/classitk_1_1AnisotropicDiffusionImageFilter.html">https://itk.org/Doxygen/html/classitk_1_1AnisotropicDiffusionImageFilter.html</a><br></div><div><br></div><div>Edge preserving noise removal is described in Section 2.7.3. of the ITK Software Guide:</div><div><a href="https://itk.org/ItkSoftwareGuide.pdf">https://itk.org/ItkSoftwareGuide.pdf</a><br></div><div><br></div><div>For storing your image, ITK tends to use metaimage format:</div><div><a href="https://itk.org/Doxygen/html/classitk_1_1MetaImageIO.html">https://itk.org/Doxygen/html/classitk_1_1MetaImageIO.html</a><br></div><div><br></div><div>VTK can also write/read it.</div><div><br></div><div>HTH,</div><div>JON HAITZ</div><div><br></div><div><br></div><div>PS: ITK has transitioned to <a href="http://discourse.itk.org">discourse.itk.org</a> as a discussion forum. So if your question is only about ITK, it would be advisable to post it there.</div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature">--<br><br></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On 12 February 2018 at 12:27, Majid M. Sadeghi via vtkusers <span dir="ltr"><<a href="mailto:vtkusers@vtk.org" target="_blank">vtkusers@vtk.org</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div><div style="color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255);font-family:"Helvetica Neue",Helvetica,Arial,"Lucida Grande",sans-serif;font-size:16px"><div id="gmail-m_-8368103362698873541yiv2497776001"><div id="gmail-m_-8368103362698873541yui_3_16_0_ym19_1_1518436099515_13509"><div style="color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255);font-family:"Helvetica Neue",Helvetica,Arial,"Lucida Grande",sans-serif;font-size:16px" id="gmail-m_-8368103362698873541yui_3_16_0_ym19_1_1518436099515_13508"><div id="gmail-m_-8368103362698873541yiv2497776001yui_3_16_0_ym19_1_1518171436705_91742"><span></span></div><div id="gmail-m_-8368103362698873541yiv2497776001yui_3_16_0_ym19_1_1518171436705_91743"><div id="gmail-m_-8368103362698873541yui_3_16_0_ym19_1_1518436099515_13657">Dear All,</div><div id="gmail-m_-8368103362698873541yui_3_16_0_ym19_1_1518436099515_13658"><br></div><div id="gmail-m_-8368103362698873541yui_3_16_0_ym19_1_1518436099515_13659" dir="ltr">I am using a vtkGDCMImageReader to import 3D DICOM images. Then I adjust the spacing and reslice. After that I can save it as both image data|(vtkXMLImageDataWriter) or polydata(<wbr>vtkImageDataGeometryFilter).</div><div dir="ltr" id="gmail-m_-8368103362698873541yui_3_16_0_ym19_1_1518436099515_13897"><br></div><div dir="ltr" id="gmail-m_-8368103362698873541yui_3_16_0_ym19_1_1518436099515_13986">I want to apply edge preserving noise removal to the data either just after reading images, or after saving as .vtp files.</div><div dir="ltr" id="gmail-m_-8368103362698873541yui_3_16_0_ym19_1_1518436099515_13987"><br></div><div dir="ltr" id="gmail-m_-8368103362698873541yui_3_16_0_ym19_1_1518436099515_13988">I have setup ITK and scanned the ITK book, but I have no experience on it. <br></div><div dir="ltr" id="gmail-m_-8368103362698873541yui_3_16_0_ym19_1_1518436099515_13989"><br></div><div dir="ltr" id="gmail-m_-8368103362698873541yui_3_16_0_ym19_1_1518436099515_13991">Is there any link or example which can guide me on how to perform this? (what type of structure is common between ITK and VTK? Should I perform the filter after saving in VTK or before that? which filter do you suggest for the best speed and perfomance?)</div><div dir="ltr" id="gmail-m_-8368103362698873541yui_3_16_0_ym19_1_1518436099515_14118"><br></div><div dir="ltr" id="gmail-m_-8368103362698873541yui_3_16_0_ym19_1_1518436099515_14104">Thanks a lot.</div><div dir="ltr" id="gmail-m_-8368103362698873541yui_3_16_0_ym19_1_1518436099515_14105"><br></div><div dir="ltr" id="gmail-m_-8368103362698873541yui_3_16_0_ym19_1_1518436099515_14106"><br></div></div><div class="gmail-m_-8368103362698873541yiv2497776001signature" id="gmail-m_-8368103362698873541yiv2497776001yui_3_16_0_ym19_1_1518171436705_91744"><br></div></div></div></div></div></div><br>______________________________<wbr>_________________<br>
Powered by <a href="http://www.kitware.com" rel="noreferrer" target="_blank">www.kitware.com</a><br>
<br>
Visit other Kitware open-source projects at <a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.kitware.com/<wbr>opensource/opensource.html</a><br>
<br>
Please keep messages on-topic and check the VTK FAQ at: <a href="http://www.vtk.org/Wiki/VTK_FAQ" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.vtk.org/Wiki/VTK_<wbr>FAQ</a><br>
<br>
Search the list archives at: <a href="http://markmail.org/search/?q=vtkusers" rel="noreferrer" target="_blank">http://markmail.org/search/?q=<wbr>vtkusers</a><br>
<br>
Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
<a href="https://vtk.org/mailman/listinfo/vtkusers" rel="noreferrer" target="_blank">https://vtk.org/mailman/<wbr>listinfo/vtkusers</a><br>
<br></blockquote></div><br></div></div>