<div dir="ltr"><div>Hi Anthony,</div><div><br></div><div>I wrote all my cartilage segmentation code in VTK some years ago and was able to generate colored<br></div><div>3D triangulated surface maps with EDT thickness values mapped from pixels to triangle vertices.</div><div>I had an interactive widget that would allow you to mouse over the surface in 3D and probe</div><div>and display thickness values.<br></div><div><br></div><div>If you want to contact me off the forum I can give you my mcmaster contact info.</div><div><br></div><div>best regards,</div><div>Dean<br></div><div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Fri, Jan 11, 2019 at 8:42 AM A. Gatti <<a href="mailto:gattia@mcmaster.ca">gattia@mcmaster.ca</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi, <br>
<br>
I’m emailing to see if there are any suggestions or forewarnings for what I am attempting to do. <br>
<br>
I work with cartilage segmentation and have used the raw pixel data in the past to calculate thickness values for regions of interest. To do this, I define 2 sides of the cartilage (bone interface and surface). I’ve typically done this by finding contours for the bone and cartilage and if the cartilage contour has a bone Neighbour it is considered to be on the bone-interface, otherwise it is on the surface. Then thickness is calculated for every bone-interface pixel, finding the surface pixel with the minimum Euclidean distance. <br>
<br>
I am hoping to translate this to vtk for a few reasons. <br>
1. I would like to be able to visualize the thickness maps. - which is a pain to do in pixel format. I’ve tried rendering and it doesn’t look so hot. <br>
2. I’m interested in trying out something like iterative closest point registration between two bone-interface surfaces to be able to make comparisons between thickness maps. <br>
<br>
My thoughts on how to go about this are to:<br>
1. Use my existing contouring method to get the bone-interface and surface <br>
2. Extract the 3D location of each of these pixels and apply surfaceReconstructionFilter to the bone-interface and surface points separately. <br>
3. Continue with what I have previously done - iterate over every point from the new bone-interface surface to find the closest point on the surface. I would then assign the thickness calculated for every point to that point and be able to view a map of the thicknesses? <br>
<br>
Alternatively, would it be feasible to assign the thickness values I already calculated in pixel land (simpleitk / numpy) to the bone-interface surface and ski- step 3 all together?<br>
<br>
Are there any obvious pit falls with this approach? <br>
<br>
I should have said at the start, I am doing this using the python api for vtk if that makes a difference. I have done some playing already, mostly using marching cubes, which works great with the whole segmentation, but not so great with the surfaces alone :). <br>
<br>
Thanks, <br>
<br>
Anthony. <br>
<br>
Sent from my iPad<br>
_______________________________________________<br>
Powered by <a href="http://www.kitware.com" rel="noreferrer" target="_blank">www.kitware.com</a><br>
<br>
Visit other Kitware open-source projects at <a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a><br>
<br>
Please keep messages on-topic and check the VTK FAQ at: <a href="http://www.vtk.org/Wiki/VTK_FAQ" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.vtk.org/Wiki/VTK_FAQ</a><br>
<br>
Search the list archives at: <a href="http://markmail.org/search/?q=vtkusers" rel="noreferrer" target="_blank">http://markmail.org/search/?q=vtkusers</a><br>
<br>
Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
<a href="https://vtk.org/mailman/listinfo/vtkusers" rel="noreferrer" target="_blank">https://vtk.org/mailman/listinfo/vtkusers</a><br>
</blockquote></div>